Na Rektorátě jsou zřízeny tyto odbory a jiné organizační útvary:
- sekretariát rektora
- právní odbor
- odbor interního auditu a kontroly
- sekretariát Akademického senátu ČVUT
- odbor PR a marketingu
- odbor rozvoje
- odbor pro studium a studentské záležitosti
- oddělení Centrum informačních a poradenských služeb (CIPS)
- oddělení Středisko pro podporu studentů se specifickými potřebami (ELSA)
- odbor pro vědeckou a výzkumnou činnost
- odbor pro transfer technologií
- Patentové středisko
- oddělení transferu technologií
- odbor strukturálních fondů
- odbor zahraničních vztahů
- odbor pro kvalitu a informační systém
- odbor výstavby a investiční činnosti
- sekretariát kvestora
- odbor ekonomického řízení a controllingu
- odbor ekonomický a finanční
- oddělení ekonomické
- oddělení finanční
- oddělení zaměstnanecké
- odbor hospodářské správy
- oddělení správy budov
- oddělení dopravy
- archiv ČVUT
- oddělení archivních činností a vědeckého výzkumu k dějinám ČVUT
- oddělení provozní
- oddělení spisové služby
- odbor správy budovy Jugoslávských partyzánů