Na Rektorátě jsou zřízeny tyto odbory a jiné organizační útvary:
- Sekretariát rektora
- Právní odbor
- Odbor bezpečnosti
- Odbor interního auditu a kontroly
- Sekretariát Akademického senátu ČVUT
- Odbor PR a marketingu
- Oddělení tiskové a organizační
- Oddělení kariérní centrum
- Obchodní oddělení a informační centrum
- Samostatné oddělení Alumni
- Samostatné oddělení Betlémská beseda
- Samostatné oddělení Galerie Jaroslava Frágnera
- Odbor rozvoje
- Odbor transferu technologií a fundraisingu
- Odbor strukturálních fondů
- Odbor pro studium a studentské záležitosti
- Centrum celoživotního vzdělávání
- Odbor pro vědeckou a výzkumnou činnost
- Patentové středisko
- Odbor zahraničních vztahů
- Odbor pro kvalitu
- Odbor výstavby a investiční činnosti
- Sekretariát kvestora
- Odbor ekonomického řízení a controllingu
- Odbor ekonomický a finanční
- Oddělení ekonomické
- Oddělení finanční
- Oddělení zaměstnanecké
- Odbor hospodářské správy
- Oddělení správy budov
- Oddělení dopravy
- Archiv ČVUT
- Oddělení archivních činností a vědeckého výzkumu k dějinám ČVUT
- Oddělení provozní
- Odbor spisové služby
- Odbor správy budovy Jugoslávských partyzánů