Na Rektorátě jsou zřízeny tyto odbory a jiné organizační útvary:
Odbor pro řízení projektů a transfer technologií
Odbor PR a marketingu
Odbor interního auditu
Sekretariát rektora
Odbor právní
Sekretariát kvestora
Odbor výstavby a investiční činnosti
Odbor ekonomického řízení a controllingu
Odbor ekonomický a finanční
- Oddělení ekonomické
- Oddělení finanční
- Oddělení zaměstnanecké
Odbor hospodářské správy
- Oddělení správy budov
- Oddělení dopravy
Archiv ČVUT
- Oddělení správy archivu a archivních činností
- Oddělení výzkumu
Odbor pro studium a studentské záležitosti
- Oddělení Centrum informačních a poradenských služeb (CIPS)
- Oddělení Středisko pro podporu studentů se specifickými potřebami (ELSA)
Odbor pro vědeckou a výzkumnou činnost
- Oddělení grantové činnosti
Odbor zahraničních vztahů
Odbor rozvoje
Odbor pro informační systém